De acordo com a distribuição de áreas, as disciplinas experimentais executam suas atividades dentro da estrutura física disponível na Instituição. Os alunos do curso de Engenharia Bioquímica têm aulas experimentais nos laboratórios abaixo relacionados:
Laboratório de Engenharia Bioquímica - EQA
Laboratório de Microbiologia e Bioquímica - EQA
Laboratório de Biotecnologia - EQA
Laboratório de Bioinformática - C3
Laboratório de Operações Unitárias – EQA
Laboratório de Controle de Processos - EQA
Laboratório de Desenho Técnico - EE
Laboratório de Química Geral - EQA
Laboratório de Química Analítica - EQA
Laboratório de Físico-química - EQA
Laboratório de Cultura Celular - ICB
Laboratório de Nanotecnologia - ICB